Niemalże wszystkie istniejące na świecie katedry działające pod auspicjami UNESCO funkcjonują w strukturach organizacyjnych jednostek naukowo-dydaktycznych, głównie uniwersytetów i akademii, rzadziej college’ów czy samodzielnych centrów badawczych. Częstokroć, jak w przypadku Katedry UNESCO działającej na UWM, włączone są w strukturę organizacyjną określonego wydziału, o profilu badawczym i dydaktycznym zbieżnym z obszarem działalności UNESCO (edukacja, sztuka, nauki humanistyczne i społeczne, technologie w służbie społeczeństwa, nauki o kulturze, stosunki międzynarodowe) i przedmiotem zainteresowań konkretnej katedry. Niemal równie często są to jednostki międzywydziałowe i ogólnouczelniane. UNESCO patronuje również chętnie tworzeniu i działalności międzyjednostkowych sieci stałej i zorganizowanej współpracy w realizacji zadań organizacji. Sieci te, noszące nazwę UNITWIN mogą tworzyć między sobą np. uczelnie wyższe, albo uczelnie w stałej współpracy z pozaakademickimi partnerami.

Mimo funkcjonowania w strukturach uniwersytetów i innych placówek wyższej edukacji i badań naukowych, katedry pod auspicjami UNESCO cechuje nieco odmienny sposób funkcjonowania, niż klasyczne uniwersyteckie katedry czy zakłady. Te ostatnie są z reguły wyodrębniane w pierwszym rzędzie w oparciu o kryterium przedmiotowe czy dziedzinowe, to znaczy reprezentują badania naukowe i zadania dydaktyczne związane z obszarem określonej dyscypliny, subdyscypliny lub działu danej nauki. Katedry UNESCO określa kryterium problemowe – ich działania badawcze, dydaktyczne i popularyzatorskie koncentrują się na interdyscyplinarnej eksploracji określonego współczesnego problemu. Takim problemem w przypadku Katedry UNESCO działającej na UWM jest zagadnienie jakości nauki i kształcenia na poziomie akademickim. Co nie znaczy, że katedry objęte patronatem UNESCO nie realizują innych przedsięwzięć związanych z celami i ideą tej organizacji, choć mniej związanych z przewodnią problematyką działalności katedry.

Realizacja zadań powierzonych przez UNESCO katedrom, centrom i sieciom UNITWIN odbywa się przede wszystkim poprzez inicjowanie, organizowanie, realizowanie, wspieranie i patronowanie przedsięwzięć badawczych, kulturalnych, społeczno-edukacyjnych, jak również upowszechnianie oraz popularyzację wiedzy z obszaru problemowego będącego przedmiotem szczególnych zainteresowań danej jednostki, a także popularyzacja i upowszechnianie idei UNESCO. Istotnym aspektem realizacji celów UNESCO jest też inicjowanie, koordynowanie oraz współdziałanie w przedsięwzięciach podejmowanych we współpracy z innymi podmiotami, w wymiarze lokalnym, regionalnym, ogólnokrajowym i międzynarodowym. Formalno-organizacyjną stronę realizacji tych działań nadzoruje zwierzchnik danej instytucji, w której strukturze działa jednostka pod auspicjami UNESCO, w szczególności rektor uniwersytetu, w porozumieniu z dyrektorem generalnym Organizacji Narodów Zjednoczonych dla Wychowania, Nauki i Kultury. Natomiast stronę merytoryczną działalności Katedry UNESCO lub Sieci UNITWIN nadzoruje kierownictwo sekcji problemowej, w której mieści się problematyka pracy danej jednostki funkcjonującej pod auspicjami UNESCO. I tak, na przykład Katedra UNESCO funkcjonująca na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim należy do Sektora Edukacji UNESCO, a w jego ramach do Sekcji Szkolnictwa Wyższego, zatem dyrektorowi tejże sekcji Katedra UNESCO Jakości Nauki i Nauczania w Szkolnictwie Wyższym składa co roku szczegółowy raport ze swojej działalności.