Powstanie Instytutu Nauk Pedagogicznych na Wydziale Nauk Społecznych Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego poprzedziło już od lat 60. ubiegłego wieku równoległe i autonomiczne funkcjonowanie pedagogiki na dwóch uczelniach wyższych w Olsztynie: w Wyższej Szkole Pedagogicznej oraz w Akademii Rolniczo-Technicznej. W 1999 roku w nowo powstałym Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim powołano Wydział Pedagogiki i Wychowania Artystycznego (WPiWA). Z chwilą zainicjowania działalności Wydziału, wyodrębniono w nim dwa Instytuty: Instytut Nauk Pedagogicznych (od2000 roku Instytut Nauk Pedagogicznych i Społecznych), w skład którego weszli pracownicy Wydziału Pedagogicznego WSP oraz Instytut Nauk o Wychowaniu, przeniesiony z ART. Zatem tradycje Instytutu Nauk Pedagogicznych WPiWA wywodzą się z powstałej w 1969 r. Wyższej Szkoły Nauczycielskiej, przekształconej 5 lat później w Wyższą Szkołę Pedagogiczną, natomiast historia Instytutu Nauk o Wychowaniu sięga Zakładu Pedagogiki, który został powołany w 1965 r. w Wyższej Szkole Rolniczej w Olsztynie.

W instytutach umocowanych na Wydziale Pedagogiki i Wychowania Artystycznego funkcję dyrektora pełnili: w Instytucie Nauk Społecznych – prof. zw. dr hab. Stanisław Kawula (z-ca dr Henryk Mizerek); w Instytucie Nauk o Wychowaniu – prof. zw. dr hab. Eugenia Malewska (za-ca prof. dr hab. Elżbieta Łuczak, następnie dr hab. Alicja Kicowska, prof. UWM).

Działalność naukowo-badawcza pracowników obu Instytutów zaowocowała istotnym wydarzeniem: 26 czerwca 2000 r. Centralna Komisja do Spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych przyznała Wydziałowi Pedagogiki i Wychowania Artystycznego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dyscyplinie pedagogika.

Z chwilą likwidacji jednostek instytutowych (Instytut Nauk Pedagogicznych i Społecznych rozwiązano w 2002, a Instytut Nauk o Wychowaniu w 2004), aktywność naukową, dydaktyczną i organizacyjną w zakresie rozwoju pedagogiki w UWM prowadziły jednostki podzielone na katedry, zakłady oraz pracownie. Ich działania znalazły wyraz w następujących osiągnieciach:

- 28 lutego 2005 roku uzyskano uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk humanistycznych w dyscyplinie pedagogika,

- 1 października 2005 roku otrzymaliśmy uprawnienia do powołania studiów doktoranckich w dziedzinie nauk humanistycznych w dyscyplinie pedagogika.

Obecnie, w wyniku Ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce na Wydziale Nauk Społecznych UWM powrócono do struktury instytutowej. Na mocy Zarządzenia nr 116/2019 Rektora Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego z dnia 19 grudnia 2019 roku powołano Instytut Nauk Pedagogicznych, który rozpoczął swoją działalność 1 stycznia 2020 r. Funkcję pierwszego dyrektora Instytutu objęła dr hab. Marzenna Nowicka, prof. UWM.

W ramach Instytutu prowadzimy kształcenie na pięciu kierunkach studiów: pedagogika, pedagogika specjalna, pedagogika wczesnej edukacji, pedagogika przedszkolna i wczesnoszkolna, praca socjalna.